Trịnh Kiểm con rể Nguyễn Kim nắm binh quyền, một mặt chỉ huy cuộc chiến chống nhà Mạc, mặc khác tìm cách giết con trai Nguyễn Kim là Nguyễn Uông và Nguyễn Hoàng để xây dựng quyền thế nhà họ Trịnh. Nguyễn Uông bị giết hại còn Nguyễn Hoàng vào trấn thủ Thuận Quảng (năm 1558) khai khẩn vùng này và xây dựng lực lượng cho cuộc cát cứ lâu dài.
Năm 1613 Nguyễn Hoàng mất con trai là Nguyễn Phúc Nguyên kế vị. Sau khi lên cai quản vùng Thuận Quảng đã xúc tiến công cuộc cát cứ chống lại họ Trịnh.
“Sau khi cũng cố bộ máy chính quyền và lực lượng, Nguyễn Phúc Nguyên không chịu nộp thuế hàng năm cho triều đình trung ương. Với những hành động nói trên, Nguyễn Phúc Nguyên đã biến từ một chính quyền địa phương phụ thuộc vào nhà nước trung ương thành một chính quyền phong kiến biệt lập của họ Nguyễn, tách khỏi chính quyền trung ương, chống lại triều đình nhà Lê. Mâu thuẫn giữa Trịnh – Nguyễn đã trở nên quyết liệt và đó chính là nguyên nhân dẫn đến cuộc chiến tranh Trịnh – Nguyễn, mở đầu từ năm 1627 kéo dài đến 1672”(*)
Trong gần nữa thế kỷ, cuộc chiến tranh Trịnh – Nguyễn đã diễn ra 7 lần đánh nhau:
+ Lần thứ nhất (1627): Trịnh Tráng chỉ huy quân Trịnh tiến vào đánh họ Nguyễn.
+ Lần thứ hai (1633): Trịnh Tráng dẫn quân thuỷ bộ tiến vào Nhật Lệ đánh chúa Nguyễn.
+ Lần thứ ba (1643): Trịnh Tráng tiến quân vào đánh họ Nguyễn ở cửa Nhật Lệ.
+ Lần thứ tư (1648): quân Trịnh do Đô đốc quận công Lê Văn Hiểu tiến vào đánh họ Nguyễn.
+ Lần thứ năm (1655-1660): quân Trịnh - Nguyễn giao tranh ở bắc Bố Chính, Hoành Sơn.
+ Lần thứ sáu (1661-1662): Trịnh Tạc đem quân tiến vào đánh họ Nguyễn.
+ Lần thứ bảy (1672): quân Trịnh vượt qua sông Gianh tiến vào đánh họ Nguyễn ở lũy Trấn Ninh.
Trong bảy lần giao tranh, quân Trịnh chủ động tấn công đánh quân Nguyễn tới sáu lần, quân Nguyễn chỉ chủ dộng tấn công quân Trịnh trong lần giao tranh thứ năm (1655-1660). Do lực lượng cả hai bên đều mạnh nên kết quả sau bảy lần giao chiến không bên nào giành được thắng lợi. Cuối cùng phải lấy sông Gianh làm giới tuyến chia đôi vùng cai quản. Kể từ đây, đất nước ta cũng bị chia đôi, sử cũ thường gọi là Đường trong và Đường ngoài.